SAF, calcul d'attracteurs basé sur SAT
SAF est un outil de recherche d’attracteurs basé sur SAT qui calcule les attracteurs dans les réseaux de régulation biologique modélisés comme des réseaux d’automates asynchrones. SAF est basé sur la traduction du problème de la recherche d’attracteurs d’une taille limitée en un problème de satisfiabilité afin de tirer profit des encodages et des solveurs SAT de l’état de l’art. SAF accepte un réseau d’automates et produit des attracteurs par ordre croissant de taille jusqu’à ce que la limite soit atteinte. La principale contribution de SAF est de fournir une alternative aux outils de recherche d’attracteurs existants. Dans certains cas, il est capable de trouver certains attracteurs alors que d’autres techniques n’y parviennent pas. Nous avons observé cette capacité à la fois sur des réseaux d’automates et des réseaux booléens. SAF est simple d’utilisation : il est disponible en ligne de commande et en application web. Enfin, SAF étant écrit en Scala, il peut fonctionner sur n’importe quel système d’exploitation doté d’une machine virtuelle Java lorsqu’il est associé au solveur SAT Sat4j.