Il est possible de mettre du code dans les différents documents publiés qui sera interprété par le serveur. Ce code doit être filtré par des interpréteurs avant que le serveur ne le retourne au client Il peut-être également filtré lorsqu'il est envoyé par le client (requête POST ou PUT) et reçu par le serveur. On peut placer dans une section Files ces filtres-interpréteurs. Par exemple, la directive suivante :
<Files *.php> SetOutputFilter PHP SetInputFilter PHP </Files>permet d'indiquer que les fichiers portant l'extension .php doivent être filtrés par l'interpréte PHP.
L'option Includes permet l'exécution du code côté serveur.