On définit dans la configuration quelles sont les zones du système de fichiers de la machine qui sont sous la "responsabilité" du serveur. Basiquement, il s'agit du sous-arbre qui se trouve à la racine qui est indiquée dans la directive DocumentRoot. Mais les choses sont un peu plus compliquées (cf section sur la correspondance entre URLs et système de fichiers, ou sur les serveurs virtuels).
Les directives placées à la racine du fichier de configuration s'appliquent pour le serveur dans son ensemble. Lorsqu'on veut paramétrer le comportement pour une sous-partie du serveur, on peut placer les directives à l'intérieur d'une des sections Directory, DirectoryMatch, Location, LocationMatch, Files et FilesMatch.
Enfin, le paramétrage peut être délégué à des fichiers .htaccess qui sont placés directement dans les répertoires concernés. Cette possibilité étant une ouverture (et donc une prise de risques) non négligeable, certaines directives n'y sont pas autorisés. Pour les autres, il faut absolument que leur présence dans les .htaccess soit autorisée par une directive AllowOverride dans les fichiers de configuration principaux pour qu'elles puissent être prises en compte.
Ces sections peuvent d'ailleurs s'imbriquer les unes dans les autres pour raffiner encore le paramétrage.
Néanmoins, certaines directives qui contrôlent la création du processus Apache ne peuvent s'appliquer qu'au serveur principal.